Марина Манафова - автор симфонических и камерных сочинений различных жанров. Особую страницу творчества композитора составляют произведения для детей. Это две оперы, вокальные циклы, произведения для фортепиано, флейты, баяна. Для флейты-пикколо Марина Манафова написала Фантазию "Viva Italia" в сопровождении симфонического оркестра( премьера состоялась в 2018 году в исполнении Ксении Куэльяр и оркестра Мариинского театра на фестивале "Виртуозы Флейты", парафраз " Сигидилья" на темы из оперы Ж. Бизе " Кармен" - для пикколо и фортепиано. С 2018 года сотрудничает с Ксенией Куэльяр. В 2023 году в Большом зале Санкт-Петербургской филармонии состоялась премьера пьесы для флейты-пикколо, тубы и симфонического оркестра «Маленький слоненок прогуливается» на тему Г. Манчини.